O processo deve ser feito na própria instituição de ensino superior para a qual o candidato foi pré-selecionado.
O Prouni oferta bolsas de estudo integrais e parciais em cursos de graduação e sequenciais de formação específica, em instituições de educação superior privadas. O público-alvo são estudantes sem diploma de nível superior.
O processo seletivo tem duas chamadas sucessivas. A lista dos candidatos pré-selecionados na segunda chamada deve ser publicada no Portal Único de Acesso ao Ensino Superior em 27 de fevereiro.